Genòmica de plantes i animals

Research Groups

Josep Mª Casacuberta Carlos Vicient

Estructura i evolució dels genomes vegetals

Jordi Garcia-Mas

Genètica i genòmica de cultius hortícoles

Maria José Aranzana Amparo Monfort

Genètica i genòmica de rosàcies

Armand Sánchez Marcel Amills Josep Maria Folch Alex Clop

Genòmica animal

Laura R. Botigué

Genòmica de cultius antics i domesticació

Sebastián Ramos-Onsins

Genòmica estadística i poblacional

Overview

La investigació del Programa de Genòmica Vegetal i Animal se centra principalment a entendre l'organització, l'evolució i la variabilitat dels genomes de cultius i animals domèstics, donar a conèixer el seu procés de domesticació i dilucidar la base genètica de trets importants per a la millora dels cultius i del bestiar.

El Programa s'estructura en sis grups de recerca, que utilitzen habitualment una àmplia gamma d'enfocaments genètics, genòmics, paleogenòmics, bioinformàtics, estadístics, genètics de poblacions i fenotípics en cultius com el meló, el préssec, la poma, la maduixa i el blat, i espècies ramaderes com ara porc i cabra, entre d'altres. Desenvolupem metodologies bioinformàtiques i eines de programari per a l'anàlisi de dades del genoma. També apliquem tecnologies d'edició de gens per a la validació funcional de gens candidats per a trets d'interès.

L'objectiu principal del Programa de Genòmica Vegetal i Animal és traduir la informació genòmica en fenotips, per aquest motiu algunes de les nostres activitats de recerca s'apliquen a programes de millora comercial en col·laboració amb empreses privades i institucions públiques.

Publications

Teng J.; Gao Y.; Yin H.; Bai Z.; Liu S.; Zeng H.; Bai L.; Cai Z.; Zhao B.; Li X.; Xu Z.; Lin Q.; Pan Z.; Yang W.; Yu X.; Guan D.; Hou Y.; Keel B.N.; Rohrer G.A.; Lindholm-Perry A.K.; Oliver W.T.; Ballester M.; Crespo-Piazuelo D.; Quintanilla R.; Canela-Xandri O.; Rawlik K.; Xia C.; Yao Y.; Zhao Q.; Yao W.; Yang L.; Li H.; Zhang H.; Liao W.; Chen T.; Karlskov-Mortensen P.; Fredholm M.; Amills M.; Clop A.; Giuffra E.; Wu J.; Cai X.; Diao S.; Pan X.; Wei C.; Li J.; Cheng H.; Wang S.; Su G.; Sahana G.; Lund M.S.; Dekkers J.C.M.; Kramer L.; Tuggle C.K.; Corbett R.; Groenen M.A.M.; Madsen O.; Gòdia M.; Rocha D.; Charles M.; Li C.-J.; Pausch H.; Hu X.; Frantz L.; Luo Y.; Lin L.; Zhou Z.; Zhang Z.; Chen Z.; Cui L.; Xiang R.; Shen X.; Li P.; Huang R.; Tang G.; Li M.; Zhao Y.; Yi G.; Tang Z.; Jiang J.; Zhao F.; Yuan X.; Liu X.; Chen Y.; Xu X.; Zhao S.; Zhao P.; Haley C.; Zhou H.; Wang Q.; Pan Y.; Ding X.; Ma L.; Li J.; Navarro P.; Zhang Q.; Li B.; Tenesa A.; Li K.; Liu G.E.; Zhang Z.; Fang L.

A compendium of genetic regulatory effects across pig tissues (2024) Nature Genetics, vol. 56 (1), pp. 112 -123 (DOI:10.1038/s41588-023-01585-7)

Iglesias-Sanchez A.; Navarro-Carcelen J.; Morelli L.; Rodriguez-Concepcion M.

Arabidopsis FIBRILLIN6 influences carotenoid biosynthesis by directly promoting phytoene synthase activity (2024) Plant physiology, vol. 194 (3), pp. 1662 -1673 (DOI:10.1093/plphys/kiad613)

de los Cobos F.P.; García-Gómez B.E.; Orduña-Rubio L.; Batlle I.; Arús P.; Matus J.T.; Eduardo I.

Article Exploring large-scale gene coexpression networks in peach (Prunus persica L.): a new tool for predicting gene function (2024) Horticulture Research, vol. 11 (2), Art. number uhad294 (DOI:10.1093/hr/uhad294)

Valdés-Hernández J.; Folch J.M.; Crespo-Piazuelo D.; Passols M.; Sebastià C.; Criado-Mesas L.; Castelló A.; Sánchez A.; Ramayo-Caldas Y.

Correction: Identification of candidate regulatory genes for intramuscular fatty acid composition in pigs by transcriptome analysis (Genetics Selection Evolution, (2024), 56, 1, (12), 10.1186/s12711-024-00882-x) (2024) Genetics Selection Evolution, vol. 56 (1), Art. number 14 (DOI:10.1186/s12711-024-00885-8)

García-Romeral J.; Castanera R.; Casacuberta J.; Domingo C.

Deciphering the Genetic Basis of Allelopathy in japonica Rice Cultivated in Temperate Regions Using a Genome-Wide Association Study (2024) Rice, vol. 17 (1), Art. number 22 (DOI:10.1186/s12284-024-00701-3)