Search
Estructura i evolució dels genomes vegetals
Personal
Personal
Investigadors
Investigadors postdoctorals
Estudiants de doctorat
Descripció general
El principal objectiu del nostre grup és augmentar el coneixement sobre l'estructura dels genomes de les plantes i estudiar com evolucionen aquests genomes. El nostre grup ha participat activament en la seqüenciació i l'anotació dels genomes d'Arabidopsis, Physcomitrella patens, meló i ametller i està treballant en l'estudi de l'evolució del genoma de cultius utilitzant dades de resseqüenciació de varietats. Aquest treball ens permetrà comprendre millor com es genera la variabilitat del genoma i com aquesta variabilitat es correlaciona amb la variabilitat fenotípica dels trets que han estat seleccionats durant la domesticació i la millora dels cultius. Un dels principals impulsors de la variabilitat a les plantes són els elements transponibles (TE). Els TEs són components importants dels genomes de les plantes i mostren una alta diversitat estructural. Estudiem la regulació de l'activitat dels TEs així com el seu impacte en la generació de variabilitat genètica i epigenètica útil per a l'adaptació de les plantes i la millora dels cultius.
Publicacions seleccionades
Castanera R*, de Tomás C, Ruggieri V, Vicient C, Eduardo I, Aranzana MJ, Arús P, Casacuberta JM*.
A phased genome of the highly heterozygous 'Texas' almond uncovers patterns of allele-specific expression linked to heterozygous structural variants.
(2024) Hortic Res. 11:uhae106.
García-Romeral J, Castanera R, Casacuberta J, Domingo C*.
Deciphering the Genetic Basis of Allelopathy in japonica Rice Cultivated in Temperate Regions Using a Genome-Wide Association Study.
(2024) Rice (N Y) 17:22.
Carlos de Tomás, Carlos M Vicient*
The Genomic Shock Hypothesis: Genetic and Epigenetic Alterations of Transposable Elements after Interspecific Hybridization in Plants
(2023) Epigenomes 8:2.
Perroud PF*, Guyon-Debast A, Casacuberta JM, Paul W, Pichon JP, Comeau D, Nogué F.
Improved prime editing allows for routine predictable gene editing in Physcomitrium patens.
(2023) J Exp Bot. 13;74:6176-6187.
Pulido M, Casacuberta JM*.
Transposable element evolution in plant genome ecosystems.
(2023) Curr Opin Plant Biol. 75:102418.
Castanera R*, Morales-Díaz N, Gupta S, Purugganan M, Casacuberta JM*.
Transposons are important contributors to gene expression variability under selection in rice populations.
(2023) Elife, 12:RP86324.
de Tomás C, Vicient CM*.
Genome-wide identification of Reverse Transcriptase domains of recently inserted endogenous plant pararetrovirus (Caulimoviridae).
(2022) Front Plant Sci. 13:1011565
Vourlaki IT*, Castanera R, Ramos-Onsins SE, Casacuberta JM, Pérez-Enciso M*.
Transposable element polymorphisms improve prediction of complex agronomic traits in rice.
(2022) Theor Appl Genet, 135:3211-3222
de Tomás C, Bardil A, Castanera R, Casacuberta JM*, Vicient CM*.
Absence of major epigenetic and transcriptomic changes accompanying an interspecific cross between peach and almond
(2022) Hortic Res, 9:uhac127
Vendrell-Mir P, Perroud P-F, Haas FB, Meyberg R, Charlot F, Rensing SA, Nogué F*, Casacuberta JM*.
A vertically transmitted amalgavirus is present in certain accessions of the bryophyte Physcomitrium patens
(2021) Plant J., 108:1786-1797/p>
Castanera R*, Vendrell-Mir P, Bardil A, Carpentier MC, Panaud O, Casacuberta JM*.
The amplification dynamics of MITEs and their impact on rice trait variability
(2021) Plant J., 107:118-135
Nieto Feliner G, Casacuberta J, Wendel JF.
Genomics of Evolutionary Novelty in Hybrids and Polyploids.
(2020) Front. Genet., 11:792
Vicient CM, Casacuberta JM.
Additional ORFs in Plant LTR-Retrotransposons
(2020) Front. Plant. Sci., 11:565
Vendrell-Mir P, López-Obando M, Nogue´ F*, Casacuberta JM*.
Different Families of Retrotransposons and DNA Transposons Are Actively Transcribed and May Have Transposed Recently in Physcomitrium (Physcomitrella) patens
(2020) Front. Plant. Sci., 11:1274
Castanera R, Ruggieri V, Pujol M,Garcia-Mas* J, Casacuberta JM*.
An improved melon reference genome with single-molecule sequencing uncovers a recent burst of transposable elements with potential impact on genes
(2020) Front. Plant Sci., 10:1815
Alioto T, Alexiou KG, Bardil A, Barteri F, Castanera R, Cruz F, Dhingra A, Duval H, Fernández i Martí A, Frias L, Galán B, Garcia JL, Howad W, JGómez-GarridoJ, Gut M, Julca I, Morata J, Puigdomènech P, Ribeca P, Rubio Cabetas MJ, Vlasova A, Wirthensohn M, Garcia-Mas J, Gabaldón T, Casacuberta JM*, Arús P*.
Transposons played a major role in the diversification between the closely related almond and peach genomes: Results from the almond genome sequence
(2020) Plant J., 101: 455–472