Search
Estructura i evolució dels genomes vegetals
Personal
Personal
Investigadors
Investigadors postdoctorals
Estudiants de doctorat
Estudiants de grau o màster
Descripció general
El principal objectiu del nostre grup és augmentar el coneixement sobre l'estructura dels genomes de les plantes i estudiar com evolucionen aquests genomes. El nostre grup ha participat activament en la seqüenciació i l'anotació dels genomes d'Arabidopsis, Physcomitrella patens, meló i ametller i està treballant en l'estudi de l'evolució del genoma de cultius utilitzant dades de resseqüenciació de varietats. Aquest treball ens permetrà comprendre millor com es genera la variabilitat del genoma i com aquesta variabilitat es correlaciona amb la variabilitat fenotípica dels trets que han estat seleccionats durant la domesticació i la millora dels cultius. Un dels principals impulsors de la variabilitat a les plantes són els elements transponibles (TE). Els TEs són components importants dels genomes de les plantes i mostren una alta diversitat estructural. Estudiem la regulació de l'activitat dels TEs així com el seu impacte en la generació de variabilitat genètica i epigenètica útil per a l'adaptació de les plantes i la millora dels cultius.
Publicacions seleccionades
Castanera R*, de Tomás C, Ruggieri V, Vicient C, Eduardo I, Aranzana MJ, Arús P, Casacuberta JM*.
A phased genome of the highly heterozygous 'Texas' almond uncovers patterns of allele-specific expression linked to heterozygous structural variants.
(2024) Hortic Res. 11:uhae106.
García-Romeral J, Castanera R, Casacuberta J, Domingo C*.
Deciphering the Genetic Basis of Allelopathy in japonica Rice Cultivated in Temperate Regions Using a Genome-Wide Association Study.
(2024) Rice (N Y) 17:22.
Carlos de Tomás, Carlos M Vicient*
The Genomic Shock Hypothesis: Genetic and Epigenetic Alterations of Transposable Elements after Interspecific Hybridization in Plants
(2023) Epigenomes 8:2.
Perroud PF*, Guyon-Debast A, Casacuberta JM, Paul W, Pichon JP, Comeau D, Nogué F.
Improved prime editing allows for routine predictable gene editing in Physcomitrium patens.
(2023) J Exp Bot. 13;74:6176-6187.
Pulido M, Casacuberta JM*.
Transposable element evolution in plant genome ecosystems.
(2023) Curr Opin Plant Biol. 75:102418.
Castanera R*, Morales-Díaz N, Gupta S, Purugganan M, Casacuberta JM*.
Transposons are important contributors to gene expression variability under selection in rice populations.
(2023) Elife, 12:RP86324.
de Tomás C, Vicient CM*.
Genome-wide identification of Reverse Transcriptase domains of recently inserted endogenous plant pararetrovirus (Caulimoviridae).
(2022) Front Plant Sci. 13:1011565
Vourlaki IT*, Castanera R, Ramos-Onsins SE, Casacuberta JM, Pérez-Enciso M*.
Transposable element polymorphisms improve prediction of complex agronomic traits in rice.
(2022) Theor Appl Genet, 135:3211-3222
de Tomás C, Bardil A, Castanera R, Casacuberta JM*, Vicient CM*.
Absence of major epigenetic and transcriptomic changes accompanying an interspecific cross between peach and almond
(2022) Hortic Res, 9:uhac127
Vendrell-Mir P, Perroud P-F, Haas FB, Meyberg R, Charlot F, Rensing SA, Nogué F*, Casacuberta JM*.
A vertically transmitted amalgavirus is present in certain accessions of the bryophyte Physcomitrium patens
(2021) Plant J., 108:1786-1797/p>
Castanera R*, Vendrell-Mir P, Bardil A, Carpentier MC, Panaud O, Casacuberta JM*.
The amplification dynamics of MITEs and their impact on rice trait variability
(2021) Plant J., 107:118-135
Nieto Feliner G, Casacuberta J, Wendel JF.
Genomics of Evolutionary Novelty in Hybrids and Polyploids.
(2020) Front. Genet., 11:792
Vicient CM, Casacuberta JM.
Additional ORFs in Plant LTR-Retrotransposons
(2020) Front. Plant. Sci., 11:565
Vendrell-Mir P, López-Obando M, Nogue´ F*, Casacuberta JM*.
Different Families of Retrotransposons and DNA Transposons Are Actively Transcribed and May Have Transposed Recently in Physcomitrium (Physcomitrella) patens
(2020) Front. Plant. Sci., 11:1274
Castanera R, Ruggieri V, Pujol M,Garcia-Mas* J, Casacuberta JM*.
An improved melon reference genome with single-molecule sequencing uncovers a recent burst of transposable elements with potential impact on genes
(2020) Front. Plant Sci., 10:1815
Alioto T, Alexiou KG, Bardil A, Barteri F, Castanera R, Cruz F, Dhingra A, Duval H, Fernández i Martí A, Frias L, Galán B, Garcia JL, Howad W, JGómez-GarridoJ, Gut M, Julca I, Morata J, Puigdomènech P, Ribeca P, Rubio Cabetas MJ, Vlasova A, Wirthensohn M, Garcia-Mas J, Gabaldón T, Casacuberta JM*, Arús P*.
Transposons played a major role in the diversification between the closely related almond and peach genomes: Results from the almond genome sequence
(2020) Plant J., 101: 455–472