Search
Genòmica animal
Personal
Personal
Suport general a la recerca
Investigadors visitants
Investigadors postdoctorals
Estudiants de doctorat
Estudiants de grau o màster
Descripció general
La investigació del Grup de Genòmica Animal es centra principalment en l'elucidació de l'arquitectura genòmica de fenotips d'interès ramader (FIR) en porcs (engreixament, percentatge i composició del greix intramuscular, prolificitat, immunitat, qualitat espermàtica, etc.) i cabres (producció de llet, composició de la llet i conformació corporal i mamària, resistència a malalties infeccioses etc.). Amb aquest objectiu, i en estreta col·laboració amb altres institucions científiques i empreses, hem cartografiat els determinants genètics de FIR mitjançant l'ús de tècniques de genotipat d'alt rendiment i de seqüenciació massiva (next generation sequencing) en creuaments experimentals i poblacions comercials porcines, així com en cabres lleteres. També hem utilitzat la seqüenciació massiva de RNA (RNA-Seq) per investigar la regulació de l'expressió gènica en òrgans amb funcions biològiques clau en la fisiologia dels caràcters sota estudi (fetge, múscul i glàndula mamària, entre altres), així com de les cèl·lules espermàtiques. Actualment estem treballant en la integració de dades obtingudes a partir d'estudis d'associació de genoma complet (GWAS), RNA-Seq, seqüenciació de genoma complet (WGS), i tecnologies multiòmiques a nivell cel·lular (single cell) per tal d’abordar qüestions fonamentals relacionades amb (i) la caracterització de la variació genètica existent en els genomes porcí i cabrú i la predicció del seu impacte funcional; (ii) la regulació genètica i epigenètica de l'expressió gènica; i (iii) la base molecular dels caràcters fenotípics. Un dels objectius més importants de la nostra activitat de recerca consisteix en identificar mutacions causals que puguin ser usades en esquemes de selecció per incrementar l’eficiència del sistema productiu i, simultàniament, obtenir un aliment més saludable i nutritiu. Un objectiu addicional del Grup de Genòmica Animal consisteix en estudiar la diversitat genètica dels animals domèstics i comprendre l’impacte de la selecció i la domesticació sobre la seva variació genètica i fenotípica.
Publicacions seleccionades
González-Prendes R, Quintanilla R, Mármol-Sánchez E, Pena RN, Ballester M, Cardoso TF, Manunza A, Casellas J, Cánovas Á, Díaz I, Noguera JL, Castelló A, Mercadé A, Amills M.
Comparing the mRNA expression profile and the genetic determinism of intramuscular fat traits in the porcine gluteus medius and longissimus dorsi muscles.
(2019) BMC Genomics 20:170.
Gòdia M, Mayer FQ, Nafissi J, Castelló A, Rodríguez-Gil JE, Sánchez A, Clop A.
A technical assessment of the porcine ejaculated spermatozoa for a sperm-specific RNA-seq analysis.
(2018) Systems Biology in Reproductive Medicine 64:291-303
Crespo-Piazuelo D, Estellé J, Revilla M, Criado-Mesas L, Ramayo-Caldas Y, Óvilo C, Fernández AI, Ballester M, Folch JM.
Characterization of bacterial microbiota compositions along the intestinal tract in pigs and their interactions and functions.
(2018) Scientific Reports 8:12727
Cardoso TF, Quintanilla R, Castelló A, Mármol-Sánchez E, Ballester M, Jordana J, Amills M.
Analysing the expression of eight clock genes in five tissues from fasting and fed sows.
(2018) Frontiers in Genetics 9:475.
Revilla M, Puig-Oliveras A, Crespo-Piazuelo D, Criado-Mesas L, Castelló A, Fernández AI, Ballester M, Folch JM.
Expression analysis of candidate genes for fatty acid composition in adipose tissue and identification of regulatory regions.
(2018) Scientific Reports 8:2045
Cardoso TF, Quintanilla R, Castelló A, González-Prendes R, Amills M, Cánovas Á.
Differential expression of mRNA isoforms in the skeletal muscle of pigs with distinct growth and fatness profiles.
(2018) BMC Genomics 19:145.
Revilla M, Puig-Oliveras A, Castelló A, Crespo-Piazuelo D, Paludo E, Fernández AI, Ballester M, Folch JM.
A global analysis of CNVs in swine using whole genome sequence data and association analysis with fatty acid composition and growth traits.
(2017) PLoS One 12:e0177014.
Núñez-Hernández F, Pérez LJ, Muñoz M, Vera G, Accensi F, Sánchez A, Rodríguez F, Núñez JI.
Differential expression of porcine microRNAs in African swine fever virus infected pigs: a proof-of-concept study.
(2017) Virology Journal 14:198
Ballester M, Ramayo-Caldas Y, Revilla M, Corominas J, Castelló A, Estellé J, Fernández AI, Folch JM.
Integration of liver gene co-expression networks and eGWAs analyses highlighted candidate regulators implicated in lipid metabolism in pigs.
(2017) Scientific Reports 7:46539
Cardoso TF, Quintanilla R, Tibau J, Gil M, Mármol-Sánchez E, González-Rodríguez O, González-Prendes R, Amills M.
Nutrient supply affects the mRNA expression profile of the porcine skeletal muscle.
(2017) BMC Genomics 18: 603
Clop A, Sharaf A, Castelló A, Ramos-Onsins S, Cirera S, Mercadé A, Derdak S, Beltran S, Huisman A, Fredholm M, van As P, Sánchez A.
Identification of protein-damaging mutations in 10 swine taste receptors and 191 appetite-reward genes.
(2016) BMC Genomics 17:685
Clop A, Huisman A, van As P, Sharaf A, Derdak S, Sanchez A.
Identification of genetic variation in the swine toll-like receptors and development of a porcine TLR genotyping array.
(2016) Genetics Selection and Evolution 48:28.