Genòmica estadística i poblacional

Líders de grup
Miguel Pérez-Enciso
ICREA Research Professor
Membres del grup
Statistical and Population Genomics group

Estudiants de grau o màster

Descripció general

El nostre objectiu és comprendre els processos evolutius que tenen lloc en les poblacions. D'una banda, desenvolupem mètodes estadístics i realitzem estudis de simulació amb l'objectiu de millorar la detecció de patrons específics de variabilitat, utilitzant la perspectiva de la genòmica de poblacions però combinant també informació sobre el fenotip i l'ambient. D'altra banda, analitzem dades genòmiques empíriques de poblacions silvestres i domesticades per a detectar l'efecte de la selecció positiva i altres processos evolutius. En concret, les línies de recerca són les següents:

 

Desenvolupament de Mètodes i Programari

Mètodes per a analitzar la Variabilitat Genètica: Desenvolupem metodologies estadístiques enfocades a mesurar la variabilitat i a distingir les diferents forces evolutives, com detectar els efectes sobre caràcters afectats per selecció positiva.

 

Desenvolupar Programari PopGen: desenvolupar programari per a l'anàlisi de la variabilitat és de gran importància per a difondre les nostres metodologies i permetre que altres investigadors realitzin anàlisis utilitzant la nostra perspectiva.

 

Estudi de dades empíriques

Variabilitat genètica en poblacions naturals: En estreta col·laboració amb el Dr. M. Abdelaziz (Universitat de Granada) pretenem explorar els efectes dels canvis en la ploïdia i en els sistemes d'aparellament sobre els mecanismes ecològics i genètics que al seu torn medien en els patrons selectius (trajectòries adaptatives) que apareixen en diferents ambients.

 

Variabilitat genètica en poblacions domesticades: En les espècies domèstiques s'espera que la selecció artificial actuï sobre fenotips d'interès per als humans. Ens interessa l'arquitectura genètica de l'adaptació per domesticació. Actua la selecció sobre trets quantitatius en tot el genoma o solo en regions específiques? Els estudis de simulació poden ajudar a definir les expectatives sota cada hipòtesi i a establir el poder estadístic per a distingir totes dues hipòtesis.

 

Més informació en https://sites.google.com/view/sebas-ramos-onsins-lab

Publicacions seleccionades

Ramos-Onsins SE, Marmorini G, Achaz G, Ferretti L.
A General Framework for Neutrality Tests Based on the Site Frequency Spectrum (2023)
(2023) Genes. 14(9):1714. doi: 10.3390/genes14091714.

Ferretti L, Ribeca P, Ramos-Onsins SE.
The Site Frequency/Dosage Spectrum of Autopolyploid Populations.
(2018) Front Genet. 9:480. doi: 10.3389/fgene.2018.00480. eCollection 

Guirao-Rico, S., Ramirez, O., Ojeda, A., Amills, M., Ramos-Onsins, S.E.
Porcine Y-chromosome variation is consistent with the occurrence of paternal gene flow from non-Asian to Asian populations
(2018) Heredity, vol. 120 (1), pp. 63-76

Rozas, J., Ferrer-Mata, A., Sanchez-DelBarrio, J.C., Guirao-Rico, S., Librado, P., Ramos-Onsins, S.E., Sanchez-Gracia, A.
DnaSP 6: DNA sequence polymorphism analysis of large data sets
(2017) Molecular Biology and Evolution, vol. 34 (12), pp. 3299-3302