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Biología computacional y sintética
Personal
Descripción general
Nuestro grupo está interesado en aplicar técnicas que van desde el aprendizaje automático moderno y la biología estructural computacional a métodos experimentales de alto rendimiento como el cribado basado en NGS, con el fin de comprender cómo la variación genética afecta a los fenotipos biológicos (ingeniería inversa), así como para diseñar secuencias de ADN que puedan generar los fenotipos deseados (ingeniería directa). Actualmente, estamos estudiando cómo las mutaciones afectan a la expresión de genes heterólogos y a la regulación transcripcional en microalgas.
Publicaciones Seleccionadas
Milito A, Aschern M, McQuillan JL, Yang JS*
Challenges and advances towards the rational design of microalgal synthetic promoters in Chlamydomonas reinhardtii.
(2023) Journal of Experimental Botany, erad100
Hwang HG, Milito A, Yang JS*, Jang S*, Jung GY*.
Riboswitch-guided chalcone synthase engineering and metabolic flux optimization for enhanced production of flavonoids.
(2022) Metabolic Engineering, 75:143-152
Ye DY, Noh MH, Moon JH, Milito A, Kim M, Lee JW, Yang JS*, Jung GY*.
Kinetic compartmentalization by unnatural reaction for itaconate production.
(2022) Nature Communications, 13(1):5353
Lang, B.*, Yang, J.-S.*, Garriga-Canut, M.*, Speroni, S., Aschern, M., Gili, M., Hoffmann, T., Tartaglia, G.G., Maurer, S.P.
Matrix-screening reveals a vast potential for direct protein-protein interactions among RNA binding proteins
(2021) Nucleic Acids Research, 49 (12), pp. 6702-6721.
Weber, M., Burgos, R., Yus, E., Yang, J.-S., Lluch-Senar, M., Serrano, L.
Impact of C-terminal amino acid composition on protein expression in bacteria
(2020) Molecular Systems Biology, 16 (5), art. no. e9208, .
Park, S.V.*, Yang, J.-S.*, Jo, H., Kang, B., Oh, S.S., Jung, G.Y.
Catalytic RNA, ribozyme, and its applications in synthetic biology
(2019) Biotechnology Advances, 37 (8), art. no. 107452, .
Yang J.S.*# Garriga-Canut M.*, Link N., Carolis C., Broadbent K., Beltran-Sastre V., Serrano L., Maurer S.P.#
rec-YnH enables simultaneous many-by-many detection of direct protein-protein and protein-RNA interactions
(2018) Nature Communications, 9(1):3747
Yus E.*, Yang J.S.*, Sogues A., Serrano L.
A reporter system coupled with high-throughput sequencing unveils key bacterial transcription and translation determinants
(2017) Nature Communications, 8(1):368