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Estructura y evolución de los genomas de las plantas
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Descripción general
El principal objetivo de nuestro grupo es aumentar nuestro conocimiento sobre la estructura de los genomas de las plantas y estudiar cómo evolucionan estos genomas. Nuestro grupo ha participado activamente en la secuenciación y anotación de los genomas de Arabidopsis, Physcomitrella patens, melón y almendro y está trabajando en el estudio de la evolución del genoma de cultivos utilizando datos de resecuenciación de variedades. Este trabajo nos permitirá comprender mejor cómo se genera la variabilidad del genoma y cómo esta variabilidad se correlaciona con la variabilidad fenotípica en los rasgos que han sido seleccionados durante la domesticación y la mejora de los cultivos. Uno de los principales impulsores de la variabilidad en las plantas son los elementos transponibles (TE). Los TEs son componentes importantes de los genomas de las plantas y muestran una alta diversidad estructural. Estudiamos la regulación de la actividad de los TEs así como su impacto en la generación de variabilidad genética y epigenética útil para la adaptación de las plantas y la mejora de los cultivos.
Publicaciones Seleccionadas
Castanera R*, de Tomás C, Ruggieri V, Vicient C, Eduardo I, Aranzana MJ, Arús P, Casacuberta JM*.
A phased genome of the highly heterozygous 'Texas' almond uncovers patterns of allele-specific expression linked to heterozygous structural variants.
(2024) Hortic Res. 11:uhae106.
García-Romeral J, Castanera R, Casacuberta J, Domingo C*.
Deciphering the Genetic Basis of Allelopathy in japonica Rice Cultivated in Temperate Regions Using a Genome-Wide Association Study.
(2024) Rice (N Y) 17:22.
Carlos de Tomás, Carlos M Vicient*
The Genomic Shock Hypothesis: Genetic and Epigenetic Alterations of Transposable Elements after Interspecific Hybridization in Plants
(2023) Epigenomes 8:2.
Perroud PF*, Guyon-Debast A, Casacuberta JM, Paul W, Pichon JP, Comeau D, Nogué F.
Improved prime editing allows for routine predictable gene editing in Physcomitrium patens.
(2023) J Exp Bot. 13;74:6176-6187.
Pulido M, Casacuberta JM*.
Transposable element evolution in plant genome ecosystems.
(2023) Curr Opin Plant Biol. 75:102418.
Castanera R*, Morales-Díaz N, Gupta S, Purugganan M, Casacuberta JM*.
Transposons are important contributors to gene expression variability under selection in rice populations.
(2023) Elife, 12:RP86324.
de Tomás C, Vicient CM*.
Genome-wide identification of Reverse Transcriptase domains of recently inserted endogenous plant pararetrovirus (Caulimoviridae).
(2022) Front Plant Sci. 13:1011565
Vourlaki IT*, Castanera R, Ramos-Onsins SE, Casacuberta JM, Pérez-Enciso M*.
Transposable element polymorphisms improve prediction of complex agronomic traits in rice.
(2022) Theor Appl Genet, 135:3211-3222
de Tomás C, Bardil A, Castanera R, Casacuberta JM*, Vicient CM*.
Absence of major epigenetic and transcriptomic changes accompanying an interspecific cross between peach and almond
(2022) Hortic Res, 9:uhac127
Vendrell-Mir P, Perroud P-F, Haas FB, Meyberg R, Charlot F, Rensing SA, Nogué F*, Casacuberta JM*.
A vertically transmitted amalgavirus is present in certain accessions of the bryophyte Physcomitrium patens
(2021) Plant J., 108:1786-1797/p>
Castanera R*, Vendrell-Mir P, Bardil A, Carpentier MC, Panaud O, Casacuberta JM*.
The amplification dynamics of MITEs and their impact on rice trait variability
(2021) Plant J., 107:118-135
Nieto Feliner G, Casacuberta J, Wendel JF.
Genomics of Evolutionary Novelty in Hybrids and Polyploids.
(2020) Front. Genet., 11:792
Vicient CM, Casacuberta JM.
Additional ORFs in Plant LTR-Retrotransposons
(2020) Front. Plant. Sci., 11:565
Vendrell-Mir P, López-Obando M, Nogue´ F*, Casacuberta JM*.
Different Families of Retrotransposons and DNA Transposons Are Actively Transcribed and May Have Transposed Recently in Physcomitrium (Physcomitrella) patens
(2020) Front. Plant. Sci., 11:1274
Castanera R, Ruggieri V, Pujol M,Garcia-Mas* J, Casacuberta JM*.
An improved melon reference genome with single-molecule sequencing uncovers a recent burst of transposable elements with potential impact on genes
(2020) Front. Plant Sci., 10:1815
Alioto T, Alexiou KG, Bardil A, Barteri F, Castanera R, Cruz F, Dhingra A, Duval H, Fernández i Martí A, Frias L, Galán B, Garcia JL, Howad W, JGómez-GarridoJ, Gut M, Julca I, Morata J, Puigdomènech P, Ribeca P, Rubio Cabetas MJ, Vlasova A, Wirthensohn M, Garcia-Mas J, Gabaldón T, Casacuberta JM*, Arús P*.
Transposons played a major role in the diversification between the closely related almond and peach genomes: Results from the almond genome sequence
(2020) Plant J., 101: 455–472