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Genómica animal
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Descripción general
La investigación del Grupo de Genómica Animal se centra principalmente en la elucidación de la arquitectura genómica de fenotipos de interés ganadero (FIG) en cerdos (engorde, porcentaje y composición de la grasa intramuscular, prolificidad, inmunidad, calidad espermática, etc.) y cabras (producción de leche, composición de la leche y conformación corporal y mamaria, resistencia a enfermedades infecciosas etc.). Con este objetivo, y en estrecha colaboración con otras instituciones científicas y empresas, hemos cartografiado los determinantes genéticos de FIG mediante el uso de técnicas de genotipado de alto rendimiento y de secuenciación masiva (next generation sequencing) en cruces experimentales y poblaciones comerciales porcinas, así como en cabras lecheras. También hemos utilizado la secuenciación masiva de RNA (RNA-Seq) para investigar la regulación de la expresión génica en órganos con funciones biológicas clave en la fisiología de los caracteres bajo estudio (hígado, músculo y glándula mamaria, entre otros), así como de las células espermáticas. Actualmente estamos trabajando en la integración de datos obtenidos a partir de estudios de asociación de genoma completo (GWAS), RNA-Seq, secuenciación de genoma completo (WGS), y tecnologías multiómicas a nivel celular (single cell) con el fin de abordar cuestiones fundamentales relacionadas con (i) la caracterización de la variación genética existente en los genomas porcino y caprino y la predicción de su impacto funcional; (ii) la regulación genética y epigenética de la expresión génica; y (iii) la base molecular de los caracteres fenotípicos. Uno de los objetivos más importantes de nuestra actividad investigadora consiste en identificar mutaciones causales que puedan ser utilizadas en esquemas de selección para incrementar la eficiencia del sistema productivo y, simultáneamente, obtener un alimento más saludable y nutritivo. Un objetivo adicional del Grupo de Genómica Animal consiste en estudiar la diversidad genética de los animales domésticos y comprender el impacto de la selección y la domesticación sobre su variación genética y fenotípica.
Publicaciones Seleccionadas
González-Prendes R, Quintanilla R, Mármol-Sánchez E, Pena RN, Ballester M, Cardoso TF, Manunza A, Casellas J, Cánovas Á, Díaz I, Noguera JL, Castelló A, Mercadé A, Amills M.
Comparing the mRNA expression profile and the genetic determinism of intramuscular fat traits in the porcine gluteus medius and longissimus dorsi muscles.
(2019) BMC Genomics 20:170.
Gòdia M, Mayer FQ, Nafissi J, Castelló A, Rodríguez-Gil JE, Sánchez A, Clop A.
A technical assessment of the porcine ejaculated spermatozoa for a sperm-specific RNA-seq analysis.
(2018) Systems Biology in Reproductive Medicine 64:291-303
Crespo-Piazuelo D, Estellé J, Revilla M, Criado-Mesas L, Ramayo-Caldas Y, Óvilo C, Fernández AI, Ballester M, Folch JM.
Characterization of bacterial microbiota compositions along the intestinal tract in pigs and their interactions and functions.
(2018) Scientific Reports 8:12727
Cardoso TF, Quintanilla R, Castelló A, Mármol-Sánchez E, Ballester M, Jordana J, Amills M.
Analysing the expression of eight clock genes in five tissues from fasting and fed sows.
(2018) Frontiers in Genetics 9:475.
Revilla M, Puig-Oliveras A, Crespo-Piazuelo D, Criado-Mesas L, Castelló A, Fernández AI, Ballester M, Folch JM.
Expression analysis of candidate genes for fatty acid composition in adipose tissue and identification of regulatory regions.
(2018) Scientific Reports 8:2045
Cardoso TF, Quintanilla R, Castelló A, González-Prendes R, Amills M, Cánovas Á.
Differential expression of mRNA isoforms in the skeletal muscle of pigs with distinct growth and fatness profiles.
(2018) BMC Genomics 19:145.
Revilla M, Puig-Oliveras A, Castelló A, Crespo-Piazuelo D, Paludo E, Fernández AI, Ballester M, Folch JM.
A global analysis of CNVs in swine using whole genome sequence data and association analysis with fatty acid composition and growth traits.
(2017) PLoS One 12:e0177014.
Núñez-Hernández F, Pérez LJ, Muñoz M, Vera G, Accensi F, Sánchez A, Rodríguez F, Núñez JI.
Differential expression of porcine microRNAs in African swine fever virus infected pigs: a proof-of-concept study.
(2017) Virology Journal 14:198
Ballester M, Ramayo-Caldas Y, Revilla M, Corominas J, Castelló A, Estellé J, Fernández AI, Folch JM.
Integration of liver gene co-expression networks and eGWAs analyses highlighted candidate regulators implicated in lipid metabolism in pigs.
(2017) Scientific Reports 7:46539
Cardoso TF, Quintanilla R, Tibau J, Gil M, Mármol-Sánchez E, González-Rodríguez O, González-Prendes R, Amills M.
Nutrient supply affects the mRNA expression profile of the porcine skeletal muscle.
(2017) BMC Genomics 18: 603
Clop A, Sharaf A, Castelló A, Ramos-Onsins S, Cirera S, Mercadé A, Derdak S, Beltran S, Huisman A, Fredholm M, van As P, Sánchez A.
Identification of protein-damaging mutations in 10 swine taste receptors and 191 appetite-reward genes.
(2016) BMC Genomics 17:685
Clop A, Huisman A, van As P, Sharaf A, Derdak S, Sanchez A.
Identification of genetic variation in the swine toll-like receptors and development of a porcine TLR genotyping array.
(2016) Genetics Selection and Evolution 48:28.